Tỉnh Bắc Ninh được tái lập vào ngày 01/7/2025 trên cơ sở hợp nhất tỉnh Bắc Giang và tỉnh Bắc Ninh (cũ), đây là sự kiện quan trọng đối với tỉnh Bắc Ninh nói chung và ngành Tài chính nói riêng, mở ra triển vọng lớn để Bắc Ninh phát triển toàn diện, bền vững, tập trung thu hút các nguồn lực đầu tư trong và ngoài nước.
Sở Tài chính tỉnh Bắc Ninh được thành lập tại Nghi quyết số 04/NQ-HĐND ngày 01/7/2025 của HĐND tỉnh Bắc Ninh về việc thành lập các cơ quan chuyên môn thuộc UBND tỉnh Bắc Ninh.
Tổ chức bộ máy khi mới thành lập gồm: Lãnh đạo Sở (Giám đốc và các Phó Giám đốc), các phòng và đơn vị thuộc Sở: Văn phòng Sở; Phòng Đăng ký kinh doanh và Quản lý doanh nghiệp; Phòng Đấu thầu, Thẩm định và Giám sát đầu tư; Phòng Kinh tế đối ngoại; Phòng Kinh tế nghành và Quản lý ngân sách xã, phường; Phòng Quản lý giá và công sản; Phòng Quản lý ngân sách; Phòng Tài chính đầu tư; Phòng Tài chính Hành chính sự nghiệp; Phòng Tổng hợp và Quy hoạch và Trung tâm Xúc tiến đầu tư và Phát triển doanh nghiệp Bắc Ninh, với tổng số 247 công chức, viên chức và người lao động.